口服避孕药之所以在国内使用不如欧美国家普遍，很多人担心其安全性，比如认为可能会增加血栓风险，甚至可能会增加患癌的风险。口服避孕药总体来说是安全的，其主要风险是血栓问题，但其实只要没有血栓高危因素，如高血压、血脂异常等，长期使用是很安全的。
有人说服用口服避孕药会得肿瘤，这并没有充分的证据，反而口服避孕药对预防某些肿瘤的发生是有保护作用的。已经有显著的证据表明，口服避孕药可以降低罹患卵巢癌、子宫癌、结肠癌的风险。口服避孕药发挥避孕的效果主要是让卵巢“睡觉”，将卵巢保护了起来，所以患卵巢癌的风险会更小。
对于乳腺癌来说，目前没有明确证据表明口服避孕药会增加其风险。对于宫颈癌，有研究表明，服用避孕药长达5年以上，会轻度增加宫颈癌的风险。但如果科学分析就可以发现，这种增加并不一定是口服避孕药本身所致。因为宫颈癌的发生跟人乳头状瘤病毒(HPV)的感染有关。如果避孕采用了口服避孕药方法，就不会再使用避孕套了，这等于减少了对病毒感染的防御措施，从而增加了HPV感染的可能。
很多曾在二三十年前服用过避孕药的中老年女性都有口服避孕药会导致唇毛增多，甚至体毛增多的印象，这也成了现在部分女性不敢用口服避孕药的原因之一。事实上，以前的避孕药导致毛发增多，是因为其中的少量雌激素经过肝代谢转化为雄性激素在作怪。而现在常用的一些避孕药多为孕激素成分，如去氧孕烯炔雌醇，就克服了这类副作用。
长期大规模的临床观察口服避孕药的妇女的体重平均值没有明显增加。也就是说，体重增加并不是普遍现象。当然，会有一小部分妇女出现食欲增强、体重增加，可以改用其他方式避孕。
有的人道听途说，了解到雌激素可能会促使癌症发生，联想到避孕药中也有雌激素，就认为长期服用会增加患妇科肿瘤的风险。其实，长期大剂量地服用雌激素才会导致癌症发生，少量的雌激素则可以减少肿瘤的发病率。
